AptaSel - formació internacional sobre SELEX (Inicial + Avançat)

Fitxa Tècnica

Temari del curs

Mòdul:
PCR pràctica
Durada:
7 h.
Contingut:

PCR pràctica

    Teoria (2 hores):
  • - Introducció a la PCR (reacció de la cadena de la polimerasa)
  • - Disseny de primers i com evitar la formació de dímers de primers
  • - Disseny d’una biblioteca aleatòria d’ADN
  • - Optimització per PCR d’una biblioteca aleatòria
  • -Sistema d’electroforesi en gel i anàlisi de dades de PCR

Pràctica (5 hores):
    Laboratori pràctic amb PCR i anàlisi de PCR mitjançant sistema d’electroforesi en gel

Mòdul:
Preparació objectiu
Durada:
7 h.
Contingut:

Preparació objectiu

    Teoria (2 hores):
  • - Objectius, requisits principals per a la selecció
  • - Caracterització de l’objectiu seleccionat
  • - Estratègies de particionament
  • - Immobilització d’estratègies de conjugació objectiu
  • - Control de qualitat

    Pràctic (5 hores):
  • - Laboratori pràctic SDS-PAGE (electroforesi de gel de dodecil sulfat de sodi), diferents estratègies d’immobilització i conjugació, assaig competitiu d’ELISA

Mòdul:
Evolució sistemàtica dels ligands mitjançant l'enriquiment exponencial (SELEX)
Durada:
7 h.
Contingut:

    Teoria (2 hores):
  • - Introducció a SELEX
  • - Diferents estratègies SELEX
  • - Incubació i condicions òptimes
  • - PCR, optimització de PCR d’una biblioteca aleatòria
  • - Preparació d’ADN monocatenari

    Pràctica (5 hores):
  • Laboratori pràctic amb SELEX (incubació, PCR, preparació d’ADN monocatenari).
Mòdul:
Evolució, seqüenciació de nova generació (NGS), estudis de truncament
Durada:
7 h.
Contingut:

Aquesta part cobreix el seguiment de l’evolució durant SELEX, que permet controlar i ajustar la pressió de selecció i la rigidesa per aconseguir les propietats desitjades dels aptamers seleccionats. També es discutirà la seqüenciació de nova generació i l’anàlisi de dades amb la interpretació dels resultats i finalment la determinació de l’estructura secundària i els estudis de truncament.

    Teoria (2 hores):
  • - Seguiment de l'evolució durant SELEX
  • - NGS i anàlisi de dades
  • - Estudis de truncament

    Pràctiques (5 hores):
  • Estudis d’evolució pràctica del laboratori (APAA (assaig d’afinitat per PCR Apta), SPR (ressonància de plasma pla), formació sobre l’anàlisi de dades de NGS i estudis de truncament.

Mòdul:
Assaigs de vinculació o assaigs de flux lateral (ZB)
Durada:
7 h.
Contingut:

Opció A) Assaigs de vinculació

Es descriuen els diferents assaigs d’adhesió que s’utilitzen habitualment per estudiar l’especificitat i l’afinitat dels aptàmers i es descriu la idoneïtat per a diferents tipus d’assaigs d’unió per a diversos tipus d’objectius.

    Teoria (2 hores):
  • - Diferents assajos d’adhesió: SPR, SPRi (superfície de ressonància per plasma), APAA, ELAA (Assaig d’enzim enllaçat per enzims), EMSA (Assaig de desplaçament de la mobilitat electroforètica, MST (microescala termoforesi) i BLI (interferometria de BioLayer)
  • - Idoneïtat dels assajos d’unió a objectius específics


    Pràctica (5 hores):
  • Assajos pràctics de connexió de laboratori (SPR, SPRi, APAA, ELAA, EMSA, MST i BLI)


Opció B) Assajos de flux lateral

Es proporciona una visió general introductòria dels assaigs de flux lateral, on s’expliquen els components essencials d’aquests assaigs i la seva importància. Es descriuran consideracions fonamentals de l’assaig i la implementació d’aptamers en diferents formats d’assaig de flux lateral.

    Teoria (2 hores):
  • Introducció a ZDLs basats en aptamers


    Pràctica (5 hores):
  • Laboratori pràctic amb competències de nivell mitjà / sandvitx a base d’un PAM